قسم الآثار والحضارات المقارنة يتكون من شعبتين: شعبة الآثار ، وشعبة الحضارات المقارنة، ويهتم بالدراسات الأثرية والحضارات المقارنة المتعلقة بمخلفات الإنسان المتمثلة في العمارة القديمة وفنون النحت والفنون الأخرى مثل الرسم والفسيفساء والرسومات الجدارية والزخرفية بمختلف أنواعها والفخار والعملات القديمة لحضارات الإنسان منذ عصر ما قبل التاريخ، والحضارات الشرقية القديمة مثل بلاد ما بين الرافدين ومصر القديمة وبلاد الشام والمغرب العربي، وكذلك آثار الحضارة الإغريقية والرومانية والبيزنطية وصولاً إلى آثار الحضارة الإسلامية بمختلف عهودها

تتمثل رسالة القسم في إبراز تراثنا الذي تزخر به معظم المدن الأثرية في ليبيا ، والتي تضم مختلف الحضارات ابتداء من عصور ما قبل التاريخ ، مروراً بالحضارة الكنعانية والإغريقية والرومانية ،وأخيراً الحضارة الإسلامية، وذلك من خلال التعريف بكل هذه الحضارات والمحافظة عليها .

تتمثل أهداف القسم في تأهيل وإعداد عناصر مؤهلة ذوي كفاءة عالية يحتاجها المجتمع في مجالي التدريس الجامعي والبحث العلمي الذي يتطلب إعداد باحث قادر على تنفيذ البحث ألآثاري استكشافا ومسحاً وتنظيماً ونشراً للنتائج. يضاف إلى ذلك تطوير التعاون العلمي مع المؤسسات الأكاديمية في ليبيا أو في دول الشمال والجنوب، من خلال المشاركة أو عبر تنظيم الدعوة لانعقاد المؤتمرات والندوات العلمية التخصصية المعنية بدراسة الآثار .